现代生命科学实验教学中心始建于1999年9月，是一个校、院两级管理的独立实验教学实体。中心所构筑的基础课教学与实验训练平台，为全面推进实验室建设与实验课内容更新，为培养高素质本科生和创办“研究型”大学奠定了良好的条件。中心建立之初，实验室面积为330平米，仪器设备181台件，固定资产159万元，年教学工作量约为2.2万生学时。中心成立以来，在校、院两级的大力支持下，中心建设取得长足进步，现已建成普通生物学、生物化学、微生物学、细胞生物学、遗传学、分子生物学、动物生理学、植物生物学8个基础教学实验室和1个用于本科生探究实验的创新实验室。此外还建设了联网显微镜、公共仪器、局域网3个辅助教学实验室和生物标本馆。中心开设的课程服务于全校43个院系，每年开设的实验项目数超过200个，年教学工作量超过11万人学时。目前实验教学使用面积达到2759m2，设备总数增至1656台件，固定资产总值超过3416万元。自2011年起，中心对原有实验室进行了规划、整合，建设建成5个开放、共享的实验教学平台（生命科学通识教育、生化与分子生物学、微生物发酵与分析、细胞生物学和研究创新实践），为实验教学体系的进一步完善、实验教学改革的深入发展奠定坚实的基础。

中心坚持“融知识、能力、素质全面协调发展”的教育教学理念；建立了有利于培养学生实践能力和创新精神的“3+1”分层次的实验教学体系；具有设备先进、资源共享、开放服务、鼓励创新的实验教学环境；有满足现代实验教学需要的高素质实验教学队伍；建立了现代化的高效运行的管理机制和信息平台，全面提高了实验教学水平，在国内发挥了良好的辐射与示范作用。现代生命科学实验教学中心于2005年被北京市教委评为北京市实验教学示范中心。2006年被教育部评为首批国家级实验教学示范中心。自2006年以来，获得国家级教学成果二等奖2项，北京市教学成果一等奖3项，清华大学教学成果奖7项。

2014年，生物学馆进行了全面的修缮工作，并于2015年交由中心全面管理、使用。这个具有悠久历史的生命科学殿堂将在生命科学人才培养中发挥重要作用。实验教学中心以多样化、开放型为建设重点，在提供更多的选择的同时满足学生的实际需求，重在培养学生的科学思维和实践能力。

中心在实验教学中，不断强化“四个结合”，即①理论教学与实验教学相结合、②基础教育与专业教育相结合、③科研与教学相结合、④校内外与国内外相结合。目前中心开设的所有实验课程全部独立设课，双学期运行，学生可以根据理论教学的内容、实验安排和兴趣，自主选择相关的实验课程，使学生通过实验更加深刻地理解生命科学的内涵。同时为配合学院培养方案的修订，实验教学中心把多样化、开放型作为建设重点。近五年，新开设通识教育类实验课程3门、综合提高型专业（基础）实验课程2门，在提供更多选择的同时满足学生的实际需求，重在培养学生的科学思维和实践能力。中心面向全校非生物专业开设通识实验课及专业（基础）实验课扩大了受益面，面向生物科学专业开设的骨干课程则为学生的专业发展提供支撑。中心教师不断把科研成果转化为实验教学的内容，紧跟科技前沿，通过国内、国际交流使学生立足国内，放眼未来，开阔眼界。

中心的教师承担了30余项国家、北京市、校级及清华-北大生命科学联合中心教学改革项目。近五年，中心承担中央高校改善基本办学条件专项2项（生化与分子生物学实验教学平台建设、融合式实验教学平台建设）；双一流建设项目1项（实验教学中心建设与改革）；优质资源建设项目1项（服务大类培养的“生物化学基础实验”课程资源建设）；清华大学本科生教育教学改革等项目20项，如：匹配学科发展与人才培养需求的大类核心实验课建设，优质通识课程建设计划，生物化学基础实验挑战性实验项目的建设与教学实践研究，《微生物学基础实验》小组探究式学科交叉选修课题的研发，着眼生物产业绿色发展的分子生物学实验教学探索，生物科学专业科研训练课程开放式教学模式的实践与质量评价机制的研究，校园植物资源数据库建设，实验教学微课制作等。指导学生开展创新创业及学生实验室建设项目。项目建设取得良好进展，其中生化与分子生物学实验教学平台建设完成，替代了老旧的实验设备，为生化与分子生物学课程的深化改革奠定了良好的物质基础。建设高水平培育本科生生命科学素养的平台、生物学通识课建设的探索——“现代生物学导论”的教学改革与教学模式改革探索实践等多个项目获得清华大学优秀教学成果二等奖。中心王菁兰老师负责的“花卉鉴赏”课程和李鹏老师负责的“生物化学基础实验”课程先后获评国家级一流本科课程。2022年，“生物化学基础实验”和“花卉鉴赏”两门课程通过了清华大学精品课程复审。李玉明老师、魏香老师制作的实验教学微课获得全国高校生命科学类微课教学比赛一、二等奖。王菁兰老师因其在线课程教学的突出成绩，获得清华大学优秀教学奖。魏香老师负责的“动物生理学实验”获评清华大学课程思政示范课，魏香老师被评为清华大学课程思政示范教师。张贵友和李鹏两位老师多次获评清华大学先进工作者。

现代生命科学实验教学中心与兄弟院校之具有广泛的联系。在新时代高校生命科学教学改革与创新研讨会、高等学校生物学实验教学骨干教师高级研修班、教指委组织的生物学实验课程研讨班、国家级实验教学示范中心（生物与食品）联席会上，中心先后派出教师做大会报告。接待来自北京大学、上海交通大学、复旦大学、北京师范大学、中国农业大学、青海大学、科技部、华中科技大学、东北农业大学、首都师范大学、国防科技大学等单位教师和领导来访，交流实验课程体系建设、教学改革和人事制度改革的经验。接待来自北京高校、中学以及北省雄安新区中学、河南濮阳第一中学等学生和国内100余所中学的教师参观。2018年秋季学期至今，累计接待国内高校及中学师生的参观交流700余人次，发挥了辐射和示范作用。标本馆除支持课程教学外，年均接待线下参观3000余人次，在科学普及中发挥了重要的作用。

2021年秋季学期，面向中学生开展的ABE项目线下课（AMGEN Biotech Experience：Scientific Discovery for the Classroom）正式启动。至今，已完成十期培训，共计220余名中学生和98名一线高中生物教师参加了体验活动。